時は1937年。襲来してきた異星人のオーバーテクノロジーを回収した人類は、さらなる侵略を予期して三体の巨大人型兵器を保持する「機神兵団」を設立。一方、機神を稼働させるモジュールをひそかに運搬していた鷹村博士一家は、列車で移動中に関東軍とエイリアンの襲撃を受けた。ひとり生き残った息子の大志を救うべく、機神兵団が出撃する！