西暦2062年、世界を二分する超大国間で長く苛烈な戦争が続いていた。劣勢を覆すため、パイロット・桂木ケイは「時空振動弾」と呼ばれる超兵器の起動任務を受ける。しかし爆発は予想外の結果を招いた――無数の次元、時代、現実が世界に解き放たれてしまったのだ。ケイはこの事態を収束させ、世界を本来の姿へ戻すことができるのか？