桜庭一騎は、なぜ母親や叔父、幼なじみの紅雪が自分の身の安全をそこまで深刻に捉えているのか理解できずにいた。紅雪は彼のプライバシーを一切顧みず、ただひたすらに彼の安全を守るためだけに、常に彼を尾行し観察している。しかし、その執拗なまでの監視の理由が明らかになるのは、高校の可愛らしい二年生、椿里美が一騎をデートに誘ったときだった。一見無邪気に見えたその誘いも、一騎が里美の家を訪れた瞬間に変わる。里美は一騎を暗殺する計画を企てており、しかも彼女は一人ではなかった。驚くべきことに、彼を救うために現れたのは、漆黒の忍装束に身を包んだ叔父と紅雪だった。 無事に保護された一騎に、母親は真実を明かす。彼は「伊賀」として知られる高貴な忍者の一族の19代目正当後継者であり、敵対する「甲賀」一族から暗殺の標的となっているのだという。この新たな脅威から身を守るため、一騎は日本に唯一残る忍者養成機関「黒天忍者学園」で自らの技を磨かねばならない。 [Written by MAL Rewrite]