西暦2060年、世界各地で発生する超常現象の危機に対処するため、世界機関は各国の精鋭エージェントを選抜し、危機対策局を設立した。その中でも危険任務専門に、さらに選りすぐりの精鋭で構成されたエース部隊が編成され、その名は「ファントム」。三年前、ある秘宝受け渡し任務において、隊長ハイウェイの軽率な判断が原因で、ファントム部隊はデレク部隊の襲撃を受け、ほぼ全滅の憂き目に遭う。ハイウェイ自身もデレクの罠にはまり、崖から転落した。しかし、任務の標的であった秘宝「不朽の石」は偶然にもハオユエンの体内に取り込まれ、彼を死から蘇らせるとともに、時間静止や時間逆流といった時間操作能力をはじめとする超能力を授けた。それ以来、我らが主人公は逃亡者として生きてきた。ハオユエンは過去と向き合うことを望まず、名を変えて平穏な生活を送りながら、戦友の妹であるグー・シャオシーを守り続けていた。しかし運命は残酷にも、Y市に「ブルーウイルス」が出現。感染者は皮膚が青く変色し、その症状が全身に広がった末に死に至る。そしてグー・シャオシーもまた、感染してしまう。ブルーウイルス事件の真相を解き、グー・シャオシーを救うため、ハイウェイは危機対策局へと戻る。セクシーで有能なエージェント、ユウ・ジェー（シャ・ロウ）、風変わりな天才ロリ、トン・シャオシャオ、そして極道のNo.2、ザン・ポンといった個性派たちと共に、臨時の代替ファントムチームを結成。我らが伝説の物語は、ここから始まる。