不死身の戦士・氷室幻馬を倒し、闇の将軍の野望を打ち砕いてから十四年。牙神獣兵衛は、相変わらず日本中を渡り歩く浪人剣客として生きていた。旅の途中、彼は村の外を見たことのない巫女・シグレと出会う。しかし、悪鬼の一群が村を滅ぼし、住民を皆殺しにしたとき、龍宝玉という正体不明の石を手に入れた獣兵衛は、標的にされてしまう。一方、シグレは僧・濁庵と若き盗賊・ツブテと共に柳生の里へと向かう。そして今、二つの鬼族がシグレを狙う中、濁庵は光の巫女を守るため、再び獣兵衛の力を借りねばならなかった。