『SSSS.GRIDMAN』の事件から一年が経った。世界は平穏を取り戻し、怪獣やグリッドマン、新条アカネのことを覚えているのは六花と内海だけとなった。かつてグリッドマンの憑依者だった裕太でさえ、自らの人生で最も重要な瞬間の記憶を失っている。そんな中、新たな怪獣が現れた時、彼は再びグリッドマンと合体し、自分もヒーローになれることを証明しようと飛び出す。