南の島の輝く海岸に打ち上げられた錆びた古い飛行機の残骸で暮らすソニック・ザ・ヘッジホッグと相棒のマイルス"テイルス"パウアーは、この世の悩みとは無縁だった。プラネット・フリーダム大統領からの緊急招集に応じた二人だが、大統領執務室で待ち構えていたのは、どうしようもないドクター・エッグマンが我が物顔でくつろぐ姿だった。 エッグマンを蹴散らしてさっさと帰りたいソニックだったが、博士は世界征服の新たな計画などないと主張する。代わりに彼が助けを求めたのは、エッグマンの故郷であるエッグマンランドの動力源である発電機が、謎の脅威によって乗っ取られ、暴走状態に陥っているという事態だった。このまま放置すれば大爆発を起こし、エッグマンだけでなくソニックの住処までも巻き添えにしてしまう。 万が一にもエッグマンの言葉が本当かもしれないという、わずかな可能性にかけることにしたソニックとテイルス。二人は深淵へと足を踏み入れる――そこには、未知でありながら、不気味なほどにどこか見覚えのある敵が待ち受けていた。 [Written by MAL Rewrite]