アニメの冒頭では、暗い環境でテレビなどを視聴しないよう注意喚起が表示されます。マクィール博士はある遺跡で大嘴鳥を発見します。その後、大嘴鳥は生まれ故郷である天使の島を離れ、マクィール博士と共に各地を旅します。大嘴鳥の冒険が一段落した後、博士と共に天使の島へ帰還しようとしますが、途中で事故に遭い、博士は大海原で行方不明になってしまいます。残された大嘴鳥は、この旅をどう続けていくのでしょうか？