少女戦士ファニアは、「導師」と名乗る記憶喪失の少年と出会い、二人は共に旅を始める。次第に敵「異生体」の秘密を解き明かしていく中で、彼らはさらに「ある神秘的な勢力」が背後で少女戦士「スルード」の人生を操ろうとしていることを知る。彼女たちは立ち上がり、大地を浄化し、空を取り戻し、人類の生存空間を奪還することを決意する。