少年・秋津正人は、極秘プロジェクト「ラストガーディアン」に拉致される。そこで彼は、普通の学生としての生活が全て偽りであり、その真の運命は「天のゼオライマー」と呼ばれる巨大ロボットのパイロットになることだと告げられる。この真実は、正人が育ての親である両親が、自分を育てた報酬を受け取るのを目撃した時に、強烈に叩き込まれる。ラストガーディアンは、世界征服を企む組織「ハウ・ドラゴン」の復活に備えていた。15年前、ハウ・ドラゴンは8体の巨大ロボットを建造した。各メカは自然の力を象徴していた。しかし、いずれのロボットも使用される前に、その創造者・木原正樹が、リーダー機であるゼオライマーを除く他の7体を破壊。彼はゼオライマーとひとつの胚を政府に託した。その胚が少年・正人となったのである。今、ハウ・ドラゴンは他の7体のメカを再建し、8体目を求めている。正人と氷室がゼオライマーを操り、ハウ・ドラゴンと戦うことになるが、正人にも氷室にも、表には見えない秘密が隠されていた。