プラント・クエッタでの凄惨なテロを生き延びたスレッタ・マーキュリーは、アスティカシア高等専門学園での決闘に復帰する一方、ミオリネ・レンブランは負傷した父の傍らで、その回復を見守っていた。地球寮の住人たちがそれぞれの悩みに囚われる中、テロの実行犯である「デイオンフォールド」の二人が学園に密かに潜入し、スレッタとその仲間たちを危険に晒す。 その頃、スレッタの母プロスペラはミオリネに近づき、彼女の父が推進していた、全ての戦争を終わらせると言われるプロジェクト「クワイエット・ゼロ」の継続を持ちかける。プロスペラもまた、隠された相反する思惑を持つ政治的な人物のようであり、彼女が本当にスレッタの幸福を願っているのかは、まだ分からない。