銀河連盟を破壊せんとするザーコン王は、ドルル最高評議会のスロック副王と手を組み、破滅艦隊と呼ばれる強大な艦隊を創り出す。ザーコンを阻止するため、キースと仲間たちはもう一つのボルトロンチームと力を合わせる。しかし、ハガーがアーラ姫を捕らえ、邪悪な魔女から彼女を救えるのはキースただ一人となってしまう。アーラを救うため、キースは時空を超えた地へと旅立ち、ハガーの力の源で彼女と対峙しなければならない。