2008年、日本政府は自国の文化を守るため、オタクと自認する者たちの狩りを開始した。わずか一週間で、SSCと呼ばれる執行機関がほぼ全てのオタクを武力で制圧し、彼らの収集品を没収した。しかし、自らをオタクヒーローと称する一人の熱狂的な男は、この機関の横暴を許さない。彼は、同じく居場所を失ったオタクたちで構成される抵抗軍を組織し、自らの文化を守るために立ち上がった。 三年後、反乱の炎は衰え、オタクたちには全ての希望が失われたかに見えた。盟友である魔法少女アナーキーに鼓舞され、オタクヒーローは抵抗軍を指揮し、アナーキーと残る二人の魔法少女――ブルーとピンク――を再統合させようと動き出す。この三人の力を結集できれば、抵抗軍はSSCを打ち破り、全ての者のためにオタク文化を救えるかもしれない。 [Written by MAL Rewrite]