西暦2220年、移動するブラックホールの拡大により、地球に危機が迫っていた。3億人以上を地球から脱出させる計画が立案される。最新の輸送艦隊が襲撃を受けた時、宇宙戦艦ヤマトがその防衛に駆けつける。艦は今、古代進によって指揮され、その娘で進とユキの子であるミユキも乗艦していた。