今、日本にも忍者は存在する。その数は約20万人。 「NIN（National Intelligence of NINJA）」と呼ばれる忍者組織は国家の文民統制を受けず、その精鋭たちは暗殺や破壊活動を秘密裏に行っている。 しかし、「NIN」と敵対するもう一つの忍者組織「UN」もある。 忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末は？ そして、戦闘の最前線に投じられた雲隠九郎ら下忍たちの運命は？