彼はブーツを履いた猫（アントニオ・バンデラス Antonio Banderas 声優）で、長年にわたり義侠心を貫き、江湖を渡り歩き、剣術に優れ、大胆で可愛らしい仕草を見せる。官兵に指名手配されている重要犯ではあるが、常に恐れることなく泰然自若としている。ある極めて不親切な酒場で、ブーツ猫は、雌雄悪党のジャック（ビリー・ボブ・ソーントン Billy Bob Thornton 声優）とジル（エイミー・セダリス Amy Sedaris 声優）が伝説の魔法の豆を手に入れたと耳にする。その豆が成長すると、巨人の宮殿へと通じるさやを伸ばし、そこには黄金の卵を産むという垂涎の鵞鳥が住んでいるという。ブーツ猫は危険を冒して魔法の豆を奪おうとするが、謎の黒猫に阻まれる。黒猫に誘われるまま、彼は猫たちが集う場所へと足を運び、そこで意外にも孤児院時代の親友ハンプティ・ダンプティ（ザック・ガリフィアナキス Zach Galifianakis 声優）と再会し、黒猫はセクシーな雌猫キティ・ソフトペイズ（サルマ・ハエック Salma Hayek 声優）であった。 　　ハンプティ・ダンプティはブーツ猫と共に「魔法の豆団」を再結成し、黄金の卵を産む鵞鳥を手に入れようと画策する……