孤児の少年ケックス・ブラッドリーは、貨物船に乗り込んで孤児院からの脱出を試みるが、船は激しい雷雨に巻き込まれ、ケックスは流された救命ボートで海に取り残されてしまう。目を覚ますと、彼はダイノトピアという島に打ち上げられていた。そこでケックスは26番やマラをはじめとする島の住人たちと出会う。やがて彼らは、邪悪なオグサーが強大な力を持つ遺物を使って島の牢獄から脱獄したことを知り、故郷を乗っ取ろうとするその計画を阻止しなければならなくなる。