十万年前、冥王と雪皇の間の光と闇の勢力は世紀を超える大戦を繰り広げたが、両陣営のボスがそれぞれ封印されることで終結した。そして現在、このわずかな交錯期に伴い、末世の天劫が訪れようとしている。広大な宇宙の中で、冥界から来た黒武士の宇宙船が玄冥の鍵を探し求めて時空を超え地球世界に進入した。それは地球の貧民窟の一軒家にあり、玄易子によって守られていた。美少女の天羽がブルーアーク国際中学校に火麟飛を探しに来る。火麟飛は天羽が自分に好意を持っていると思い込み、バスケットボールの特技を披露するが、天羽は去ってしまった。それでも火麟飛は深く惹かれ、天羽を尾行することに決める。校庭の奥の小さな森に着いた時、突然黒武士の一団が現れ天羽を襲う。火麟飛が英雄的に美女を救おうとしたが、天羽が武芸に長けており、黒武士を倒しただけでなく、彼と苗条俊をも救ったことに気づく。天羽は二人を玄易子の元へ連れて行き、Babooとも出会う。火麟飛が誤って玄冥の鍵が入った箱を開けてしまい、黒武士を引き寄せてしまう。天羽は襲来した黒武士を倒すが、獅王には敵わず、獅王は玄易子に玄冥の鍵を渡すよう要求する。玄易子は拒否し、二人は戦闘を開始、一方で天羽は黒武士士官と激戦を繰り広げ、最終的に天羽は必殺技で黒武士士官を倒す。獅王は玄易子に敵わず、超獣を召喚して天羽を捕らえ、玄易子を脅して玄冥の鍵を要求する。火麟飛は天羽を返すことを条件に渡そうとしたが、獅王に直接奪われてしまう。獅王は驚き、火麟飛が渡したとは思わなかったが、それでも天羽を解放し、火麟飛の異能鎖を返す。その後、地球を守る戦いの中で、包囲されたため玄易子は必殺技を使って自分自身と獅王の戦艦群を元空間に封印する。苗条俊が第二任船長となる。 三人は第二平行宇宙に到着し、龍戩と出会うが、誤解が生じる。隙をついた蠍子王が龍戩の師匠・剣龍を殺害し、龍戩は青龍族の戦士を連れて大殿に戻り、火麟飛と天羽も後を追う。天羽は蠍子王との戦いで毒に侵され、その後火麟飛と龍戩は蠍王超獣と激戦を繰り広げ、龍戩の兄弟子・戦龍も犠牲になる。二人が宇宙船に戻ると天羽を忘れていたことに気づき、危険を冒して戻る。龍戩は火麟飛が蠍子王の注意を引いている隙に天羽を救出し、再び火麟飛を助けに戻るが、二人は危険な状況に陥る。倒された瞬間、彼らは融合に成功し、Lisaと苗条俊の助けを借りて超獣状態に入る。蠍子王は龍戩が十万年前に自分を救った人物（実は龍戩本人）だと思い込み、過去を回想する。蠍子王が過去を回想した後、再び二人と乱戦になり、優勢に立つ。二人は玄易子の導きで合体を完成させ、蠍子王との激戦の後、元空間に入る。続いて、双方とも強大なエネルギーで打ち返され、蠍子王が弱体化した瞬間、龍戩が必殺技を放って蠍子王を倒し、超獣戦隊に加わる。 四人は第三平行宇宙に到着し、鯨鯊王の部下との交戦の中で、泰雷が火麟飛を救うが、それによって鯨鯊王の怒