機密調査「A」について協議中だった四代目雷影とその側近たちを、覆面の侵入者が急襲。雲隠れの頭領が応戦するが、その犯人がうずまきナルトだと知り、衝撃を受ける！ しかし、この暗殺未遂は、激しく冤罪を主張する若き忍者の唯一の罪ではなかった。外交問題を回避するため、ツナデは事態が解決するまで彼を、忍の犯罪者専用の超高度警備刑務所・草隠れの鬼灯城へと強制的に送致する。 チャクラを封印する能力を持つ刑務所長・ムイによってすぐに力を封じられるも、ナルトは無謀にも無駄な脱走を試みる。だが、二人の囚人仲間の助けを得て、彼はこの伝説的拘置所には表向き以上の何かがあることに気付く。恐るべき秘密を暴いた三人は、危険な作戦に乗り出す。それは、ナルトが自由を勝ち取り、自身の無実を証明する最後のチャンスかもしれない。 [Written by MAL Rewrite]