同名RPGを原作とする。歌魔法を持つ少女「レーヴァテイル」の一人、アウリカ・ネストミールは、自分の歌が誰の役にも立たないと感じていた。そんな時、塔「アルトネリコ」の上空から、飛行艇で地上に降り立った青年ライナー・バルセルトと出会う。しかし、ライナーの飛行艇は着陸時に大破。二人は飛行艇を修理できる人物を探す旅の中で、互いを、そして自分自身を助け合っていくことになる。