15世紀半ばの日本、洪水、干ばつ、飢饉により都・京都は荒廃の地と化していた。1459年から1461年にかけての3年間で、8万人以上が命を落とした。この荒涼たる光景こそが、史上最大の内乱が始まる瞬間の姿であった。日本の歴史においてこの暗黒時代の犠牲者の数はあまりにも多く、目を覆うばかりである。そんな中、アシュラという名の少年が生まれた。彼は生まれながらにして獣であった。幼くして捨てられたアシュラは、野性の中で生き抜く術を身につけることを余儀なくされる。次第に、彼は人を殺すようになった。ワカサという若い娘が、アシュラの失われた魂を救う。彼女は愛をもってアシュラの獣のような心を癒し、人間らしさを教え込んだ。しかしアシュラが村の生活に溶け込もうと努力する一方で、貧しい村人たちはよそ者を受け入れようとせず、彼に報復する。ワカサが彼に善や愛、慈しみを教えたにもかかわらず、妬みと偏見が彼を駆り立てる。そしてワカサもまた……