『戦ー少女イクセリオン』は、アイゼルシリーズの最終作であり、ほとんどの点においてこれまでのストーリーラインから一線を画している。 銀河の彼方で、二人の悪党がその行く手にある全てを破壊し、略奪している。その名はクロスとカオス。彼らは次の標的である地球への侵攻を目前に控えていた。この二人の戦士に対抗できる唯一の防衛手段が、アイゼリオン――若き少女たちと自我を持つ生体装甲アイゼルの融合体である。渚はごく普通の女子高生だったが、惑星を守り人類を救うため、次なるアイゼリオンとして戦う運命を、その意思に反して背負わされることになる！…だが、彼女自身に言わせれば話は別で。