『ビーストマシンズ：トランスフォーマー』は、同名の商品シリーズを原作としたテレビアニメシリーズである。全2シーズン、計26話で、1999年から2000年にかけて放送された。日本では『超生命体トランスフォーマー ビーストウォーズリターンズ』のタイトルで放映された。 オプティマスプライマルとそのチームがサイバトロン星に帰還した後、謎の部隊から退化ウイルス（トランスフォーマーションヴァイラス）の攻撃を受け、チームメンバーは全員が初期形態に退化し、変形不可能となってしまう。オプティマスプライマルは生き残ったメンバーを連れ、サイバトロン地下にあるオラクルへ向かう。一行はそこで新たな変身能力を獲得する。 その後、この一連の攻撃の黒幕がメガトロンであることが判明する。元々オプティマスプライマルたちに宇宙艇に縛られてサイバトロンへ連行されていたメガトロンは、艦艇が時空跳躍航行中に脱出し、オプティマスプライマルチームより早くサイバトロン星に戻っていた。彼は退化ウイルスとビークルコンを利用してサイバトロン星を征服していたのである。 メガトロンを阻止するため、オプティマスプライマルは再びチームを率いてメガトロンとの戦いを繰り広げる。