いたずら好きでわんぱくな少年ニルスはある日、小さな妖精をからかった結果、逆に妖精に魔法をかけられ、親指ほどの小さな小人にされてしまう。元の姿に戻るため、彼は家鵞のマルティンの首に乗り、雁の群れに従って不思議な旅を始める…