とある城にて、山田利吉は城主から依頼を受ける。その内容はドクタケ忍者隊に盗まれた空を飛ぶ秘薬を奪還するというものであった。一方、忍術学園一年は組の福富しんべヱと加藤団蔵らは荷物を運んでいる道中にドクタケ忍者隊に襲われ積荷を奪われてしまう。団蔵はドクタケ忍者隊の後を追い、しんべヱは忍術学園に向かい、その事件を乱太郎ら一年は組に伝え団蔵救出に向かう。