謎の宇宙船が地球に墜落した後、人類は自らが宇宙で孤独ではないことを悟る。宇宙からの潜在的な脅威を恐れた世界は、国家主義や対立する利害関係、文化的差異を脇へ押しやり、国連の旗印の下に統一された。新たに結成された国連軍は、異星人の宇宙船を転用することを決定し、それをSDF-1 マクロスと名付ける。しかし、その処女航海の当日、ゼントラーディと呼ばれる異星種族の宇宙艦隊が地球に襲来する。SDF-1マクロスは独自の判断で来襲した戦隊を撃墜し、銀河間戦争の火蓋を切ってしまう。 脱出を試みたマクロスは月軌道への発進を図るが、艦自体と、それがいた都市ごと、宇宙の果てへと転送されてしまう。この混乱に巻き込まれたのは、自由奔放なアクロバットパイロット、一条輝と、夢見る歌手、リン・ミンメイであった。二人はマクロスの乗組員と共に、悲しみとドラマに満ちた壮大な旅を経験し、戦争の残酷さに直面していく。