人類の世界が未知の力に襲われた。毒のある茨を使い、すべての人間を眠りに落とした。この敵を倒せるのは、アグモン、ガオモン、ララモンだけだ。彼らが救った少女・リズムに導かれ、敵の名がアルゴモンであることを知る。しかし、進化さえできない3体のデジモンに、いったい何ができるというのか。