初めて出会ったその時、無敗のストリートファイター・大門大と反逆のデジモン・アグモンは、この喧嘩上等な二人にとって最も自然な形──全力でぶつかり合うことで、友情を結んだ。人間がデジモンと互角に戦うという前代未聞の光景を目撃した秘密政府機関「デジタルワールド捜査本部（通称ＤＡＴＳ）」に、「最強のタッグ」と自称する彼らはスカウトされる。ＤＡＴＳの主な任務は、デジモンが現実世界に現れることで引き起こされる不可思議な事件の調査であり、世界は今、かつてない頻度でデジモンが出現する危機に直面していた。 様々な任務に赴く大門とアグモンは、天才少年・トーマ・H・ノルシュタインとそのパートナーデジモン・ガオモン、そして心優しい藤枝淑乃（ヨシノ）とそのパートナーデジモン・ララモンと同僚となる。世界で急増するデジモンの出現を調査し続ける中で、次第に暗い真実が浮かび上がってくる。 [Written by MAL Rewrite]