2002年、デジタルワールドは再び滅亡の危機に直面した！ 　デジタルモンスターの世界はもともと、究極天使獣（セラフィモン）、ケルビモン、オファニモンという三大天使によって統治されていた。しかし、そのうちの一人であるケルビモンが反逆を起こし、デジタルワールドの均衡は破壊され、崩壊を始めてしまった…… 　かつてデジタルモンスターの世界を救った古代十闘士（デジモンフロンティア）は、今はもう存在しない。この危機的状況の中、十闘士のスピリットは新たな力を別の世界——現実世界の子供たちに与えた…… 　神原拓也、源輝二、織本泉、氷見友樹、柴山純平、木村輝一の六人の子供たちはオファニモンの召喚を受け、デジタルモンスターの世界へと入り、スピリットによってデジモンへと進化し、世界を救う。 　主人公の拓也たちは、デジタルワールドへと足を踏み入れ、デジモンへと変身し、この冒険と戦いの旅に身を投じる！