潜水艦のアリ、ベイベ、メイシャは、海底で可愛らしい海の生き物たちと仲良くなった。彼らから、海の生態系のバランスを乱すという恐ろしい伝説の謎の海獣について聞かされたアリは、ベイベとメイシャと共に調査隊を結成。その生物を見つけ出し、海のバランスを取り戻す旅に出る。