かつて絶滅したと思われていた邪悪な恐竜たちが日本を襲撃し、災厄をもたらしている。この脅威に対抗するため、特殊な戦士たち「アイゼンボーグ」が結成された。ラミースとカマルは、それぞれの特殊能力を駆使し、合体してスーパーアイゼンボーグとなり、邪悪なサトーラとその恐竜軍団と戦う。