ほとんどの物語はアメリカの「タウンズビル市」という都市で繰り広げられ、パワーパフガールズはこの街の守護者として、銀行強盗の阻止、火災現場での救助、怪獣による都市破壊の防止など、あらゆる任務を担っている。パワーパフガールズは犯罪者や怪獣に対して容赦なく、ほとんどいつも彼らを徹底的に叩きのめした後、刑務所にぶち込むか警察に引き渡す。 パワーパフガールズには専用のホットラインがあり、市役所、リトルオーク幼稚園、キーニー先生の自宅には内線が設置されている。犯罪が発生した際は通常、市長がパワーパフガールズに連絡する。本作の主旨は「ヒーローが絶対的な善ではなく、悪党が絶対的な悪でもない…なぜなら誰もが良き本性と悪しき本性を併せ持ち、どう選択するかだけが問題だから」である。 エンドカードとエンドクレジットも本作の特徴で、各話に独自のエンドカードとメッセージが用意されている。大半のエンドカードはパワーパフガールズ三人組が描かれており、エンドクレジットは通常「また一日が平和に過ぎた、パワーパフガールズのおかげだ！」と締めくくられる。ただしこれらは毎回固定ではなく、該当話の紛争解決に最も貢献した人物・事物が登場することも多く、必ずしも単独（複数の場合もある）とは限らない。