魔晶学院に戦火が再燃し、暗黒勢力が再び襲来する中、魔晶少年団は再び結集し、さらに過酷で危険な挑戦に直面することになる。危機に立ち向かう魔晶少年団は、再び重囲を突破できるのか？千瑞は魔晶ハンターの戦袍をまとって皆を導き、危機を乗り越えることができるのか…