旅を続けるサトシたちは、豊かな自然と川に囲まれた町ミチーナにやってきた。この町には数千年前の遺跡があり、サトシたちは巨大な岩山の上にある遺跡へと向かう。 突然、遺跡近くの湖で水の竜巻が発生し、サトシたちに迫ってきた。竜巻に巻き込まれそうになったその時、「ディアルガ、お願い！」という声と共に一人の女性が現れる。次の瞬間、空間を切り裂いてディアルガが現れた。 その女性の名は「シーナ」。彼女は遺跡の守り人であり、ポケモンと心を通わせる能力を持っていた。シーナに招かれ、サトシたちは時空の儀を使ってディアルガ、パルキア、ギラティナの空間について説明を受け、ミチーナに伝わる「すべてを生み出した幻のポケモン」と呼ばれる「アルセウス」の古い伝説について語り始める…。