遥か昔、モンスターボールがまだ存在しない時代、ポケモン大戦が起こった。勇者アーロンとそのパートナールカリオは、戦いを止めるため、波導の力を駆使して争いを鎮めようと尽力し、人々はアーロンを「波導の勇者」と呼んだ。 百年後、サトシとピカチュウたちは、勇者アーロンを称えるために開催されるポケモンバトルと祭典に参加するため、オルドラン城を訪れる。サトシはバトルで勝利し、「波導の勇者」の称号を与えられ、祭りの際に「勇者の杖」を持って勇者に扮する権利を獲得する。 盛大な祭りが行われている最中、「勇者の杖」に封印されていたルカリオが、サトシの目の前で目覚め、百年前にアーロンが城を捨てて逃亡した秘密を語り出す！？ 一方、幻のポケモン「ミュウ」が突然現れ、ピカチュウとニャースを連れ去ってしまう。サトシはピカチュウを探すため、ルカリオの案内で「世界の始まりの樹」へと向かう。神秘的な「世界の始まりの樹」の下には、いったいどんな謎が隠されているのか？ピカチュウはミュウにどこへ連れて行かれたのか？伝説の勇者アーロンとルカリオの「波導伝説」の秘密とは何なのか？