四年前、極地に隕石が落下し、そこからDNAポケモン・デオキシスが誕生した。大気圏に住む天空のポケモン・レックウザは、デオキシスが自分の縄張りを侵したと判断し、激しい戦いが繰り広げられた。最後にレックウザはデオキシスを打ち負かし、デオキシスのコアは海に沈んだ。ちょうどその場を調査していたレンド博士は、助手のユウコと息子のトウヤを連れてこの光景を目撃し、もう一つの隕石内に残されていた未覚醒のデオキシスのコアを持ち帰った。それ以来、トウヤはポケモンをとても怖がるようになった。四年後、サトシたちはバトルタワーに挑戦するため、トウヤが住むハイテク都市・ラルースシティを訪れる。偶然の誤解から、トウヤは挑戦者と間違えられ、サトシと共に競技場に送り込まれてしまう。その時、デオキシスは完全に復活を遂げ、仲間が発する信号を頼りにラルースシティへと向かっていた。両者の大戦が今、始まろうとしていた…。