水の都アルトマーレ。ここには伝説のポケモン・ラティオスとラティアスが、街を守る秘宝「こころのしずく」を密かに守り続けていると伝えられている。サトシたちはちょうどこの街を訪れ、水上レースに参加した後、地元の住人からこの伝説を聞く。その時、世界的有名な怪盗姉妹が現れた。彼女たちは「こころのしずく」を奪うため、探知機を使って人間の姿に変身していたラティアスを見つけ出し、その行方を探ろうとしていた。ちょうどその現場をサトシが目撃する。怪盗姉妹は「こころのしずく」の力で水の都アルトマーレ全体を支配しようと企んでいる。サトシはどうやって彼女たちの計画を阻止するのか？