森の入り口で、「ユキナリ」は少女「トワ」と出会った。トワの「もし森の声が聞こえたら、むやみに動いてはいけない」という忠告を受け入れ、ユキナリは森へと足を踏み入れた。森の中で、ハンターに追われる「セレビィ」を守ろうとしたユキナリは、「時を超える力」に巻き込まれ、40年後の未来へと飛ばされてしまう。40年後の世界で、ユキナリはサトシたちと知り合う。しかし、その世界では、ロケット団史上最強の男「ビシャス」がセレビィを捕らえようとしていた。ビシャスはあらゆるポケモンを凶暴化させるダークボールを持ち、セレビィをサトシたちから奪い取る。ビシャスに捕らえられたセレビィを救うため、サトシとユキナリは必死に戦う。しかし、優しかったセレビィは既に大きく変貌していた……激しい戦いの中、伝説のポケモン「スイクン」が現れる！サトシたちはセレビィと森を救うことができるのか！？