旅の途中、ポケモントレーナーのミズキと出会ったサトシたちは、疲れたポケモンを休ませるため、最寄りのポケモンセンターへ向かう。そのセンターがある街の名は「グリーン草原」。心穏やかになる場所のように聞こえたが、実際にグリーン草原町に着いてみると、目の前の光景に衝撃を受ける。美しかったはずの町が、瞬く間に冷たい結晶の城へと変貌していたのだ……。 元々、孤独な生活を送っていた少女ミュウは、ある夜、行方不明の父親ユキオが残したアンノーンのカードを並べていた。それがきっかけで、恐ろしい「結晶世界」が開かれてしまったのである。 そして、伝説のポケモン「エンテイ」が、なんとサトシの母親を結晶の塔へ連れ去ってしまった！サトシたちは無事に母親を救い出すことができるのか？