ヒカリはシンオウ地方に住む10歳の少女。今日は新人トレーナーとして冒険の旅に出る記念すべき日だ。まずは最初のポケモンを手に入れるため、隣町のポケモン研究所を目指して出発したが、道に迷ってしまう。 ちょうどその時、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマが喧嘩を始め大騒動に！しかもポケモンたちが研究所から飛び出してしまい、事態はさらに深刻に！波乱に満ちたヒカリの旅立ちは、いったいどうなるのか！？