肉眼で「菌」を見る能力を持つ少年・沢木惣右衛門直保は、幼なじみの結城蛍と共に農業大学へ入学する。そこで繰り広げられる様々な出来事を通じて、直保と周りの人々との交流から、菌に関する多くの知識が学べる。しかし、直保の特異な能力ゆえに、様々な騒動も巻き起こっていく……。