ある女性が小五郎のもとを訪れ、宝石の警護を依頼した。その女性の名は牧樹里。日本を代表する女優である。彼女は、自分が所有する宝石「運命の宝石」を狙うという予告状を受け取った。差出人は、怪盗キッドだった。小五郎は断言する。キッドは、樹里が主演を務める伝統劇の公演最終日に現れるだろう、と。翌日、コナン、小五郎、蘭、そして少年探偵団は、伝統劇が行われる東京・汐留へと向かった。コナンは小五郎の推理に疑問を抱き、独自にキッドの出現を推理する。しかし、そこに現れたのは工藤新一だった！ あの男が再びコナンの前に？コナンは宝石を守りきれるのか！？…そして？ もちろん、その新一は本物ではない。しかし、その新一が偽物であることを証明するには、コナンが自らの正体を明かす必要がある。キッドはそのことを見抜いているらしく、大胆にも蘭に近づき、屋根から現れるという自身の行動を推理してみせる。その頃、樹里が主演を務める舞台では『ジョゼフィーヌ王妃』の一幕が上演されていた。コナンに正体を見破られたキッドは、どうやってこの青い宝石を盗み出すのか！？そして、コナンたちを待ち受けるさらなる試練とは？