怪盗キッドが再び警察に挑戦状を叩きつけ、その狙いはロマノフ王朝の秘宝・皇帝の復活祭の卵。日時と場所を予告された大阪府警は、キッド逮捕に総力を挙げる。しかし今回、キッドの思惑を超える者たちも動き始めていた――江戸川コナン、服部平次、そして卵を狙う数多の勢力が絡み合う。 卵を巡る争奪戦が激化する中、関係者を襲う連続殺人事件が発生。同時に、ロマノフ王朝に隠された悲劇の真実が明らかになっていく。事件の中心で、コナンは残忍な殺人事件の解決とキッド逮捕に挑む。大切な人々を守り、自らの正体を隠しつつ――。