コナンは新一として電話で不本意ながら蘭とデートをし、5月3日の深夜映画に彼女を誘い、代わりに森谷帝二教授が開催する茶会に参加してくれるよう頼んだ。コナンは自分が小さくなった事実をどう隠すか、非常に悩んでいた。 蘭を見送った後、悩み続けるコナンのもとに一本の電話がかかってくる。それは正体不明の爆弾魔からの挑戦状だった！少年探偵団が受け取ったリモコン飛行機、子猫の入ったカゴに仕掛けられた爆弾、そして環状線の爆弾トラップ――みんなで必死に推理を重ね、何とか危機を回避することができた。しかし、最後に爆弾が仕掛けられていたのは、工藤新一と蘭のデート場所である米花町ビルだった！コナンはどうするのか？……