全人類が神秘的な現象によって一瞬で石化してから数千年—— 超人並みの頭脳を持つ、生まれながらの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界（STONE WORLD）で、千空は新たな仲間たちの力を結集し「科学王国」を立ち上げる。最終目標は、科学の力で世界全体を復元することだ。 彼らは様々な困難を乗り越え、火起こし、製鉄、発電、ガラスや携帯電話の製造を、荒廃した世界で現実のものとし、石器時代から現代文明までの二百万年にわたる科学史の溝を飛び越えていく。 しかし、霊長類最強の高校生・獅子王司が率いる「武装帝国」が着々と勢力を拡大していた。人類の浄化を目指す司は、強大な力を使って科学の発展を阻止しようとする。 STONE WARS、開戦直前！