「ザ・ゼータ・プロジェクト」は、ゼータとロウの活躍を描く。彼らは、ゼータが真に非暴力的であることを証明しようとする一方、彼を追うNSAエージェントたちは、反逆する前に調査していたテロリストたちが何らかの未知の目的のために彼を再プログラムしたと信じている。無実を証明するため、ゼータとロウは彼の創造者である、捉えどころのないドクター・セリグを探し求める。