物語は2026年8月、富士演習場を舞台に繰り広げられる。東私立防衛学園中等部三年生の名取塔子は、教官・神谷との過酷な野外演習に明け暮れていた。厳しい訓練も、ついに最終日を迎える。神谷は「最新兵器研究」と題した課外授業を提案する。しかしその時、日本全体を揺るがす事件が発生する。