注意：以下の文章には作品のストーリーに関する記述が含まれており、原作を楽しむ際の興味を損なう可能性があります。 　　『ツバサ・クロニクル』の物語は、最初の世界である砂漠の都市──玖楼国（TVB訳：古羅国）から始まる。少年・小狼は数年前、養父である考古学者の藤隆と共にこの国を訪れ、玖楼国の歴史の謎を解き明かすため、翼の形をした遺跡の発掘を目指していた。小狼はこうして玖楼国の人々と出会い、中でも幼馴染の桜姫とは互いに想いを寄せ合う仲となった。しかし、身分の違いから小狼はその想いを打ち明けることができずにいた。藤隆の死後、小狼は父の遺志を継ぎ、発掘と研究を続けていた。 　　ある日、桜とその兄である桃矢国王が遺跡を訪れた際、突如として異変が発生。桜の記憶は羽根となり、飛び散って消えてしまう。神官の雪兎は傷ついた桃矢国王を介抱しながら、小狼に告げる──桜の記憶の羽根はさまざまな次元世界に散らばったこと、桜を救うためにはそれらの羽根を集めなければならないことを。 　　雪兎は小狼を「次元の魔女」壹原侑子のもとへ送り、桜を救う方法を尋ねるよう伝える。同じ頃、阿修羅王から逃れるため色雷斯国を離れた魔法使いのファイや、知世姫によって日本国を追われた武士の黒鋼も、それぞれの目的で次元を越える方法を求めて侑子を訪れていた。 　　侑子は彼らに次元を越える力を与えるモコナを取り出すが、条件として「等価交換」──彼らにとって最も大切なものを要求する。ファイは阿修羅王からの逃避を続けるため、背中の特殊な刺青を差し出し、黒鋼は日本国に戻るため、彼の特殊な刀を代償にした。そして小狼は、桜を救うために、彼女との「関係性」を犠牲にする。たとえ全ての羽根を集めても、桜は小狼と過ごした過去の記憶を取り戻すことはないのだ。 　　こうして小狼は桜姫を連れ、黒鋼、ファイと共に、さまざまな次元を旅しながら桜の羽根を探す戦いに身を投じていく。 　　『ツバサ・クロニクル』の物語には、CLAMPの過去作品に登場したキャラクターが多数採用されている。異なる世界では彼らは異なる人生を送っているが、その「根源」（本性や魂のようなもの）は同じである。これはジェット・リー主演の映画『ザ・ワン』の設定に類似している。CLAMPの著書『CLAMP奇迹』では、この手法を「スターシステム」と呼んでいる。