『ツバサ・クロニクル』の物語は、最初の世界である砂漠の都市・玖楼国（クウロウコク）から始まる。少年・小狼は、養父である考古学者の藤隆と共にこの国を訪れ、翼の形をした遺跡を発掘することで玖楼国の歴史の謎を解き明かそうとしていた。小狼はそこで、幼馴染の桜姫をはじめとする玖楼国の人々と出会う。二人は互いに想いを寄せ合っていたが、身分の違いから小狼はその想いを打ち明けられずにいた。藤隆の死後、小狼は父の遺志を継ぎ、発掘と研究を続けていた。しかし、桜とその兄である桃矢国王が遺跡を訪れた際、突如として異変が発生。桜の記憶は羽根となり、飛び散って消えてしまう。神官の雪兔は傷ついた桃矢国王を介抱しながら、小狼にこう告げた。桜の記憶の羽根はさまざまな次元世界に飛び散ったため、桜を救うためにはそれらの羽根を集めなければならないと。 　　そこで雪兔は小狼を「次元の魔女」である壱原侑子のもとへ送り、桜を救う方法を尋ねるよう伝える。同時に、阿修羅王から逃れようとするトラキア国の魔法使い・ファイや、知世姫によって日本国を追われた武士・黒鋼も、それぞれの目的で次元を移動する方法を求めて侑子のもとを訪れていた。 　　侑子は、彼らがさまざまな次元を移動するためのモコナを取り出すが、その条件として「等価交換」で最も大切なものを要求する。ファイは阿修羅王から逃げ続けるため、背中の特殊な刺青を差し出し、黒鋼は日本国に戻るため、彼の特殊な刀を代償とする。そして小狼は、桜を救うために、彼女との「関係性」を犠牲にした。たとえ桜の羽根をすべて集めても、桜は小狼と過ごした過去の記憶を思い出せなくなるという代償である。 　　こうして小狼は桜姫を連れ、黒鋼、ファイと共に、さまざまな次元を旅しながら桜の羽根を取り戻すための戦いに身を投じる。 　　『ツバサ・クロニクル』の物語では、CLAMPの過去作品に登場したキャラクターが多数採用されている。異なる世界では、彼らは異なる人生を送っているが、その「根源」（本性や魂のようなもの）は同じである。これは、ジェット・リー主演の映画『ザ・ワン』の設定に似ている。『CLAMP奇迹』という本では、この手法を「スターシステム」と呼んでいる。