近い未来を描いた世界では、異形が至る所で見られ、人々はそれを珍しいとも思わない。小学校では、六年生に進級すると「異形対応チーム」のメンバーになる可能性がある。 今回、「異形対応チーム」に選ばれたのは大谷ユリ、川村クミ、遠峰カスミの三人の女子生徒だ。「異形対応チーム」のメンバーは、それぞれ共生型異形・ボーグをパートナーとして、学校に侵入する様々な異形を撃退・捕獲する。ただそれだけのことだと思っていたが… その裏には、実は非常に大きな陰謀が隠されていた。